Desde su conformación, esa dirección ejecutiva tenía su sede Tarija, Bolivia, según un acuerdo suscrito por los tres países con presencia en el Pilcomayo, Argentina, Paraguay y Bolivia, aunque dicho acuerdo establece que la sede de la organización para el manejo de la cuenca sea rotativa, siendo cada miembro sede por un tiempo determinado, por lo que Formosa deberá hacer el traspaso a Paraguay, tras finalizar su periodo en el 2013.
El acto de traspaso, presidido por el gobernador de Formosa, Gildo Insfrán, contó con la participación del subsecretario de Asuntos Latinoamericanos de la Cancillería argentina, Agustín Colombo Sierra; del presidente pro témpore de la comisión ejecutiva y vicecanciller de Bolivia, Hugo Fernández; la primera delegada por Argentina de la comisión, María Matilde Lorenzo Alcalá; la embajadora de Paraguay en Argentina, Miryam Segovia; el segundo delegado argentino en la trinacional, Claudio Laboranti, quien fue designado presidente, y el ministro de Planificación, Obras y Servicios Públicos de Formosa, Jorge Ibáñez, entre otros.