Aguas turbias . En el extremo sur de la provincia de Córdoba, el recurso hídrico más utilizado para todas las actividades es el agua subterránea, en particular la del acuífero subterráneo, según el Departamento de Geología de la Facultad de Ciencias Exactas y Químicas de la UNRC. Sin embargo, en numerosas localidades presenta escasa aptitud debido a la presencia de elevados tenores de sales disueltas totales, arsénico, flúor y nitratos, que la convierten en un riesgo muy importante para la salud de la población.
Depredación. Los pescadores furtivos son los enemigos más letales del recurso ictícola en la laguna Mar Chiquita, Embalse y el dique La Viña.
Extracciones prohibidas. El río Xanaes, el Suquía (a la salida de la ciudad de Córdoba), el Cosquín y varios cursos hídricos de Traslasierra suelen sufrir la extracción clandestina de arena de sus riberas. Las ONG lo denuncian, pero el problema no cesa.