La contaminación industrial manufacturera más importante del departamento de La Paz es producida en las ciudades de La Paz y El Alto que a su vez son generadores de aparatos productivos del departamento, principalmente de los sectores alimenticio y textil.
Estudios sobre la calidad ambiental en las ciudades de La Paz y El Alto como: Contaminación del Río Choqueyapu, realizado por JICA; Programa de monitoreo atmosférico en la ciudad de La Paz, del Ministerio de Desarrollo Sostenible y Medio Ambiente con el gobierno Mexicano; Diagnóstico ambiental para la ciudad de El Alto por consultores del PNUD, muestran los resultados del deterioro al medio ambiente.

AGUA
Se destaca que los principales problemas de contaminación hídrica se producen por las descargas domiciliarias, industriales y hospitalarias, vertidas al Río Choqueyapu, Río Seco, Río Hernani y sus afluentes.
Esto hace que exista el riesgo de deterioro de las zonas agrícolas ubicadas aguas abajo del Río Choqueyapu, de las que la ciudad de La Paz es el consumidor, así como también en la Cuenca del Lago Titicaca que mata la vida terrestre y acuática.

RÍO CHOQUEYAPU
A lo largo del canal principal de río Choqueyapu y de sus afluentes principales (Orkojahuira, Irpavi y Achumani). Las poblaciones cercanas, las industrias, los centros hospitalarios vierten sus residuos en este río, que se ha convertido en una alcantarrilla abierta que lleva basura aguas abajo.
Resultados sobre la aguas del río Choqueyapu (JICA) y de los ríos Orkojahuira, Irpavi, Achumani y Huañajahuira indican que la calidad de aguas de estos ríos es similar a la que se observa en los afluentes.

RÍO SECO
El inexistente servicio de alcantarillado en parte de la ciudad de El Alto donde se asientan industrias (periferie) y la falta de conexiones domiciliarias que son las que albergan a las actividades artesanales y microindustrias, dan lugar a la contaminación de los cursos de aguas, tanto superficiales como subterráneos, por la descarga de desechos industriales (Río Seco) y domiciliarios.
Las afluentes del Río Seco se juntan con las de otros ríos y van a desembocar a la Cuenca Cerrada del Altiplano (donde se incluye el lago Titicaca) el cual es un ecosistema frágil amenazado por la alta contaminación en las riberas.

CONTAMINACIÓN DEL AIRE
La red de monitoreo instalada en la ciudad de La Paz por la cooperación del gobierno Mexicano estableció “que los agentes que intervienen en el deterioro de la calidad del aire es principalmente el 70% de la contaminación atmosférica, atribuible al parque automotor y de las industrias”, esto por el aumento de vehículos muy antiguos.
De igual forma subió la contaminación del aire en El Alto, seguido del ruido ambiental que está por encima de los límites aceptados internacionalmente.
Los sectores más afectados por el ruido son la Ceja de El Alto, las carretas a Viacha, Oruro, salidas hacia Copacabana, Laja y la zona del aeropuerto.

RESIDUOS SÓLIDOS
La GTZ y otras instituciones de cooperación llegaron al resultado que sólo en La Paz, se estima que la cantidad de residuos sólidos generados es de aproximadamente 450/500 ton/día. La basura que normalmente no es recolectada por el sistema privado, es arrojada en las riberas de los ríos y en laderas periurbanas.
Pese a que residuos sólidos son transportados hasta su destino final en el vertedero de Alpacoma no existe un plan municipal de local y peor aún del área metropolitana en el manejo de la basura en un verdadero tratamiento en el relleno sanitario o un sistema de reciclaje.
Con el incremento rápido de la población en la ciudad de El Alto la generación de basura sobrepasa 350/380 ton/día de los que parte son recogidos por sistemas privados y otra son arrojados por la población en cenizales y calles.