La mortandad de vacunos en el ejercicio 2008/2009 fue de 443.000 cabezas, lo que equivale a 3,79% del stock, de acuerdo con los datos que maneja la Dirección de Contralor de Semovientes (Dicose). Según estas informaciones, son 130.000 cabezas más que murieron en comparación al ejercicio 2007/2008, en el que la relación de la mortandad con el stock fue de 2,61%. Buena parte del aumento en la mortandad es consecuencia de la sequía, de la que aún persisten secuelas.
Sin embargo, en la serie histórica que maneja Dicose y que abarca desde la zafra 1975/1976 a la fecha, esta cifra de mortandad es la mitad de la que se verificó en la sequía que castigó los ejercicios 1988/1989 y 1989/1990. En la primera de las mencionadas la mortandad fue de 740.000 cabezas, lo que equivale a 7,13% del stock que era de 10.373.000 cabezas. En el ejercicio siguiente la mortandad fue de 577.000 animales, 6,02% del stock que quedó del ejercicio anterior, que fue de 9.583.000 cabezas.
Entre los datos de la serie histórica de Dicose, hasta la sequía de 1988/1989 los porcentajes de mortandad con relación al stock eran del orden de 3% en promedio, salvo picos que quedan claramente identificados con episodios de sequía. Sin embargo, a partir de 1990, los porcentajes de mortandad caen sensiblemente y se ubican en el entorno de 2,5% en promedio. El director de Dicose, José Sosa Días, esto demuestra que a partir de ese episodio se modificaron las técnicas de manejo que bajaron la mortandad.