Las aguas del río Rocha, desde su nacimiento en al alturas de Sacaba, aún son usadas para el lavado de ropa, de vehículos y el riego.
Si bien el uso de las aguas de esta cuenca no ha sido documentado, a través del análisis del uso de la tierra se pueden diferenciar tres zonas.
La primera incluye la zona de las cabeceras por encima de los 2.600 m.s.n.m. que son zonas agrícolas y de baja densidad poblacional, el principal uso del agua corresponde al doméstico y para riego, siendo el transporte de residuos muy reducido.
La segunda zona corresponde al trayecto urbano de los ríos Rocha y Tamborada, incluyendo la laguna Alalay; en el caso de los ríos, el principal uso es el transporte de residuos domésticos e industriales como ocurre en todos los grandes centros urbanos, secundariamente se usa esta agua para lavado de ropa, vehículos y otros, pero la evidente degradación de su calidad al establecerse urbanizaciones periféricas, la inhabilitó completamente para cualquier actividad.
Una tercera zona en esta cuenca, comprende al río Rocha a partir de lugares agrícolas donde, además del uso doméstico en pequeña escala, el más importante es el riego, que continua en el resto del departamento de Cochabamba a través del río Caine.
De esta manera, los efectos del uso del agua en la cuenca del río Rocha, han ocasionado que en la parte baja de la cuenca representa un riesgo sanitario alto, mientras no se concluyan los planes de recuperación.
Este riesgo no solamente incluye al río Rocha, sino a su continuidad hidrológica que es el río Caine.
El conjunto de las aguas de la cuenca del río Rocha se ha convertido en uno de los problemas ambientales más serios de los valles de Cochabamba, actualmente recién están siendo objeto de la atención de los gobiernos municipales, la Prefectura y quienes intentan desarrollar acciones correctivas y preventivas.
Deterioro ambiental muy importante y acelerado, especialmente intensificado en la última década, a causa de la acción antrópica y demandas de urbanización por las altas tasas de crecimiento poblacional, que tiene una incidencia directa en la degradación del ecosistema y sobre la calidad de vida de sus pobladores.
En general la industria y las áreas urbanas no están separadas y por lo tanto las aguas residuales industriales y las aguas servidas urbanas se mezclan en el río Rocha, lo cual dificulta la determinación del aporte de contaminación que le corresponde a la industria, porque gran parte de los residuos sólidos industriales y domésticos es descargada directamente al río.

CONTAMINACIÓN
Durante todo su recorrido y en época seca, el río Rocha se constituye en un receptor de aguas de origen doméstico que provienen de las poblaciones grandes y pequeñas, y que en la mayoría de los casos no cuentan con un sistema de tratamiento adecuado que garantice la calidad de sus residuos líquidos.
En algunos casos se dispone de estos sistemas pero que son insuficientes para este fin, como son los tanques Imhoff y tanques sépticos cuya efectividad de remoción es pobre, por esta razón, las aguas del río Rocha, desde sus nacientes hasta aproximadamente la zona de Parotani, presentan una elevada contaminación bacteriológica, un alto contenido de materia orgánica, de sólidos y tóxicos.
En los últimos años, el sector industrial en Cochabamba ha desarrollado, estableciendo muchas industrias en su cercanía, la mayoría de ellas ubicadas entre el kilómetro 9 hacia la ciudad de Sacaba y la zona de Urkupiña en la localidad de Quillacollo, a la fecha el registro de empresas industriales productivas sobrepasa los 250, de las cuales puede estimarse que aproximadamente 100 de ellas generan residuos líquidos y/o sólidos en sus procesos.
La mayoría de los residuos líquidos son descargados mediante canales subterráneos al curso del río Rocha, que son utilizados finalmente para riego.
Este hecho empeora notablemente la calidad de los productos agrícolas, ya que además de la contaminación microbiológica y orgánica, el agua recibe tóxicos como solventes orgánicos, metales pesados y otros.

RECUPERACIÓN
El proceso de recuperación de un río contaminado es bastante largo y exige una serie de acciones coordinadas a diferentes niveles institucionales y organizacionales, pues se debe manejar la cuenca íntegra, situación que fue admitida por el alcalde del Cercado Gonzalo Terceros y el prefecto Jorge Ledesma Cornejo.
Ambas autoridades coinciden en señalar que para cumplir dos leyes, emitidas por el presidente Evo Morales, y una resolución judicial, las unidades medioambientales de la Prefectura de Cochabamba y de la Alcaldía de Cercado, tienen planificado invertir cerca de 20 millones de bolivianos en la recuperación del río Rocha, la revitalización de la laguna Alalay y la construcción de un nuevo relleno sanitario para los siete municipios que forman parte de la conurbación cochabambina. La Prefectura pondrá casi dos millones de bolivianos y la Alcaldía alrededor de 18.
El Consejo Departamental de Cochabamba aprobó el Plan Operativo Anual (POA) 2010, en el cual se asignan un poco más de 1,5 millones de bolivianos para la atención de los tres problemas medioambientales más importantes de la zona urbana del departamento.
Sin embargo pese a que la Prefectura asignó los montos, todavía no se tiene definido en que serán invertidos, pues según explicó el jefe de la Dirección de Recursos Naturales y Medio Ambiente, Vidal Ramos, las normas establecen que se debe coordinar con las alcaldías del eje de conurbación para trabajar en estos aspectos.
Ramos dijo que para la recuperación del río Rocha se formó un Comité de Eco Gestión, que contará con un representante de cada municipio y se encargará de evaluar los proyectos a diseño final que se elaborarán para los mismos comprendidos entre Sacaba y Sipe Sipe.