Sus principales cuencas nacen en las Sierras Grandes: el río Suquía (río Primero) lo hace en el Embalse San Roque; el río Xanaes (Segundo) en el Embalse Los Molinos, desembocando ambos en la laguna de Mar Chiquita; el río Calamuchita (Tercero) con un importante sistema lacustre en su cuenca alta; el río Chocancharava (Cuarto), que al unirse con el Tercero originan el río Carcarañá, tributario del Paraná, y en el sur provincial, desde San Luis, discurre el río Popopis (Quinto) que desagua en una serie de bañados como los de La Amarga. Estos ríos fluyen en sentido oeste-este y sus nombres se deben al orden en que se encuentran desde la ciudad capital de la provincia hacia el sur. En el oeste, en Traslasierra, se halla el río de los Sauces y el Embalse La Viña.
El clima cordobés es templado continental, con inviernos frescos y veranos cálidos, con una temperatura media anual entre 10 y 18º y lluvias estacionales de verano con unos 800 mm. anuales.

El río Tercero
El principal curso de agua y el más caudaloso es el río Calamuchita o río Tercero, que nace en el cerro Champaquí, con una longitud de 307 km., un caudal de 21,17 m3/s, una cuenca 21.000 km2., que pertenece a la hidrografía del Plata y desemboca en el Carcarañá.
El régimen de precipitaciones (pluvio-nivales) varía entre los 1.000 a 600 mm/año, ubicándose su cuenca alta en el valle de Calamuchita. Desciende por el Valle de la Cruz e ingresa en la plenillanura donde se han construido embalses escalonados (Cerro Pelado, río Tercero, con su central atómica, Piedras Moras y otros) con dos principales objetivos: obtener energía hidroeléctrica y regular el caudal.
Recorre la provincia en toda su mitad, posee un albeo y un aforo regular, y un lecho exento de obstáculos, cuando fluye por la llanura, convirtiéndose en navegable por embarcaciones de mediano calado y continúa con el nombre de Carcarañá al recibir la afluencia del Chocancharava (río Cuarto) a través del arroyo Saladillo. En sus riberas se encuentran las localidades de Río Tercero, Villa María, Villa Nueva, Bell Ville, Leones, etc.
El río Chocancharava recorre 400 km., con un caudal medio de 7,2 / 70 m3/s, nace en la Sierra de Comechingones, discurre por el centro-sur de la provincia, al salir hacia la Pampa Húmeda forma los Bañados del Saladillo y cambia su curso recibiendo el mismo nombre del bañado, el cual confluye con el río Tercero (Calamuchita), unificándose como río Carcarañá. A sus orillas se encuentran Alpa Corral, Río Cuarto, Villa Reducción, Alejandro Roca, La Carlota, Monte Maíz y Monte Buey.

Un acueducto desde el río Carcarañá
Este río transita 240 km, nace de la confluencia de los ríos Tercero y Cuarto, desemboca en el Paraná y tiene una cuenca de 48.000 km2. Ingresa en la provincia de Santa Fe, cruzándola por el sector centro, desemboca cerca de la localidad de Gaboto (río Coronda) y termina en el río Paraná en las cercanías de Timbúes.
Discurre por la “pampa ondulada”, con barrancas de hasta 20 metros de altura y gran parte de su lecho está formado por tosca y da origen a pequeños saltos fácilmente franqueables por embarcaciones de mediano calado. En sus proximidades están las localidades cordobesas de Inriville, Los Surgentes y Cruz Alta, y las santafesinas de Arteaga, San José de la Esquina, Los Nogales, Arequito, Los Molinos, Casilda, Carcarañá, Correa, Pueblo Andino, Oliveros y Puerto Gaboto.
Inexplicablemente esta hidrovía está inexplotada pese a recorrer uno de los territorios más ricos del planeta en producción de cereales, lácteos y leguminosas; además de constituir zonas fabriles importantes, especialmente metalmecánico y relacionado con el agro.
Hoy se anuncia un mega acueducto Paraná-Córdoba, con un mínimo de 350 km. de longitud, que significa erogar casi 3.500 litros de agua por segundo (según los años que llevaría su construcción y el crecimiento poblacional), elevar el agua unos 400 metros y bombear 300 millones de litros por día, más las estaciones de bombeo, atanores, energía, gastos de mantenimiento, etc., con un costo estimado en 150 millones de dólares.
En la Cámara de Diputados de la Nación, el expediente 0660-D- del 15/03/2007 refiere al estudio de prefactibilidad de navegación del río Carcarañá para el transporte fluvial de cargas, con la posibilidad de prolongarlo y canalizarlo hasta el Embalse de Río Tercero mediante diferentes obras que permitirían la navegación de barcazas de 500 toneladas (6 barcazas transportan el equivalente a 120 camiones con un flete mucho menor).
Sería un acueducto en bajante, 4 veces más corto que el Paraná-Córdoba y con una reducción drástica de costos, además de atenuar el calentamiento global.