Ambientalistas piden adecuar barcos al río y no este a los barcos. Desde la óptica de los ambientalistas, los estudios de ingeniería en la Hidrovía son deficientes e incompletos y se hicieron con modelos hidrológicos inadecuados.
Según una publicación del diario ABC, de Paraguay, en los análisis de rentabilidad no se tuvo en cuenta su efecto sobre la fauna, la flora y, en su conjunto, sobre la existencia del Pantanal. La pérdida de estos sistemas dependerá en gran medida de las diversas obras de ampliación y rectificación de canales.
La Hidrovía Paraguay-Paraná-Plata (HPP) forma parte del eje fluvial Orinoco-Amazonas-El Plata. Es considerado por la Iniciativa de Integración Regional Sudamericana (IIRSA) como uno de los elementos de vinculación y de comercio más importante de la región sudamericana.
Dicha iniciativa es un emprendimiento de 12 países sudamericanos, que tiene por objeto promover el desarrollo de la infraestructura de transporte, energía y comunicaciones, bajo una visión regional. Por tales motivos, los impulsores del proyecto (BID, CAF, Fonplata, políticos y empresarios) proyectan trabajos que consisten en el dragado de 19,75 millones de m3 para rectificación de curvas, el derrocamiento de 0,624 millones de m3 y el dragado de mantenimiento de 4,49 millones de m3/año.
Los costos estimados serían de US$ 1,2 mil millones para la construcción, US$ 3 mil millones para la operación y mantenimiento por un período de 25 años, además de los US$ 11 millones ya invertidos hasta el presente. La finalidad es, según señalan, contar con un canal que permita el flujo a gran escala, permanente y rápido de mercancías, y desarrollar un sistema complejo de navegación, modificando para ello algunas características naturales de los ríos Paraguay, Paraná y el Plata, en un tramo de 3.420 km, desde Puerto Cáceres (Brasil) hasta Nueva Palmira (Uruguay).
El sistema Paraguay-Paraná drena un área de 1,75 millones de km2, y su cuenca abarca una región en la que habitan más de 18 millones de personas de Argentina, Brasil, Bolivia, Paraguay y Uruguay.