Los residuos domésticos e industriales generados en centros urbanos con cierta densidad poblacional están provocando problemas en la cuenca del río Negro. La contaminación en las áreas rurales, como consecuencia de las actividades productivas, comienza a ser relevante; según el Consejo Interprovincial de Ministros de Obras Públicas (CIMOP).
El diagnóstico forma parte de un estudio denominado "La gestión del agua y su infraestructura en el desarrollo sustentable del territorio" elaborado por ese cuerpo para abordar la problemática de los recursos hídricos en la Argentina, y el desarrollo humano y estratégico de las regiones.
Indica que la debilidad de algunas zonas de montaña y el carácter torrencial de las escorrentías provoca una marcada erosión de los suelos de la cuenca. Este fenómeno se encuentra agravado en extensas zonas por el excesivo pastoreo de las majadas. El fenómeno caracteriza el ambiente físico imperante en la cuenca del río Neuquén que transporta elevados cargos sedimentarios a los embalses.
Si bien el trabajo considera que el grado de conservación de los ríos en la cuenca es razonablemente satisfactorio, pone en el tapete de discusiones que el vertido de efluentes domiciliarios sin tratar, sumado al de origen industrial; hacen que la calidad del agua se vea parcialmente degradada en ciertos sectores del río.
Las obras de regulación construidas han modificado sustancialmente el régimen hídrico natural provocando alteraciones del medio que se manifiestan de diversos modos. En algunos casos, plantea que la eliminación de crecidas importantes suprimió el efecto autolimpiante en los cauces.
En segundo término, observa que la desactivación casi permanente de algunos cauces secundarios se traduce en una modificación del hábitat de las especiales vegetales y animales.
Una de las actividad más contaminantes que menciona el estudio en el ámbito de la cuenca es la explotación petrolera. Pide atención en los derrames y filtraciones de hidrocarburos y de los elementos químicos utilizados en el proceso de extracción.
El CIMOP puso como ejemplo que la explotación de la cuenca hidrocarburífera neuquina de vasta extensión en esta región, constituye una "permanente amenaza" para la flora y fauna, y para las fuentes de abastecimiento de agua potable.
De iguales características aunque de menor magnitud por tratarse de una actividad no desarrollada aun en plenitud, es el conflicto derivado de la actividad minera.