En los análisis microbiológicos del agua tomada de los freatímetros (perforaciones) instalados para controlar las napas freáticas, la perito judicial María Luisa Genta había encontrado la presencia de contaminantes fecales y de gérmenes patógenos como los "pseudomonas aeruginosas". Sin embargo, advirtió que las muestras recogidas en el freatímetro 12 (instalado justo al lado de la celda 7, que se incendió) no pudieron ser analizadas porque fue declarada "perdida" o anulada" arbitrariamente por Alicia Jordan, en ese momento directora general de Salud Ambiental del Siprosa. "La muestra fue tomada por esta perito en legal forma y también en legal forma fue entregada en el local de la planta de Pacará Pintado a los inspectores técnicos responsables de tal tarea que actuaron en representación de la Provincia", denunció. No obstante, instó a los vocales de la Cámara en lo Civil y Comercial Común a "observar el color marrón oscuro de las muestras, características de soluciones contaminadas por cantidad de materia orgánica en descomposición".
En su impugnación de las pericias, Silvia Sosa, la perito de parte de Pacará Pintado, reconoció que sólo el freatímetro 12 presenta valores anormales, pero atribuyó esa situación a que está ubicado en el subsuelo, "de residuos de vieja data por los cuales no es responsable la empresa". Además, aseguró que esos basurales anteriores a Pacará Pintado se encontraban a cielo abierto, sin tratamiento.