La Corema de Aisén obtuvo un importante respaldo de parte de la Contraloría General de la República respecto a la forma en que el órgano ambiental enfrentó la tramitación del proyecto hidroeléctrico HidroAysén, que Endesa y Colbún buscan levantar en la austral región.
Esto, debido a que al intendente de la región, Selim Carrasco, y al entonces director de la Corema de Aisén, José Pablo Sáez -presidente y secretario, respectivamente, de la Corema-, se les cuestionó el hecho de haber enviado, el 7 de octubre de 2008, a la eléctrica el consolidado con las observaciones hechas al proyecto hidroeléctrico (Icsara), sin considerar, a juicio de los solicitantes, "las observaciones críticas de más de un tercio de los organismos públicos".
El pronunciamiento fue pedido por un grupo de parlamentarios, entre los que destaca el senador Guido Girardi y los diputados Alejandro García Huidobro, Jaime Mulet y Antonio Leal. Para la Contraloría, el actuar de la Corema ante esta situación "se ajustó a derecho, por tratarse de una actuación de mero trámite, cuya ejecución se encontraba expresamente delegada en el secretario de esa entidad".
El intendente Selim Carrasco afirmó ante el dictamen que "indudablemente que como región y como institucionalidad medioambiental de la Corema en Aisén, nosotros seguimos muy tranquilos, porque estamos actuando correctamente, como lo hemos hecho desde el primer día que entró al sistema de evaluación ambiental el proyecto de HidroAysén".

2.750 MW
En agosto de 2008, HidroAysén comenzó el trámite ambiental para su proyecto que contempla cinco centrales en los ríos Pascua y Baker, ubicados en la Región de Aisén.