La industria manufacturera es una de las fuentes más contaminantes del medio ambiente en las ciudades de La Paz y El Alto, según datos del Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo (PNUD).
El estudio recopilado por el PNUD destaca que los principales problemas de contaminación hídrica se producen por las descargas de residuos domiciliarios, industriales y hospitalarios a los afluentes como el Choqueyapu, Río Seco, río Hernani y otros de La Paz y El Alto.
El efecto inmediato y directo de esta contaminación se refleja con el deterioro de las zonas agrícolas como Río Abajo por donde atraviesa el Choqueyapu en La Paz hasta el lago Titicaca, en el altiplano paceño donde mueren especies terrestres y acuáticas a causa de este fenómeno.
El estudio establece que por ejemplo el río Choqueyapu y sus afluentes principales como el Orkojahuira, Irpavi, Achumani, Jillusaya y otros, que atraviesan por el centro paceño y gran parte de la zona Sur, es contaminada por las industrias y por las aguas servidas de la población paceña.
La falta de alcantarillado en las zonas alejadas y próximas a las industrias de El Alto como Río Seco, es una de las principales causas para la contaminación del afluente del mismo nombre de ese sector.
Los afluentes del Río Seco se juntan con las de otros ríos y van a desembocar a la Cuenca Cerrada del Altiplano (donde se incluye el lago Titicaca).

AIRE
La red de monitoreo instalada en la ciudad de La Paz con ayuda del gobierno mexicano estableció “que el 70 por ciento de los agentes que intervienen en el deterioro de la calidad del aire es por la contaminación atmosférica originada por el parque automotor y las industrias”. Dentro de esta categoría están los vehículos antiguos. En la ciudad de El Alto también se evidencia una elevación de los niveles de contaminación atmosférica.
La contaminación acústica por el ruido (bocinas y otros) en las urbes de La Paz y El Alto, también está por encima de los límites aceptados internacionalmente.
Los sectores más afectados por el ruido es la Ceja de El Alto, las carreteras a Viacha, Oruro, salidas hacia Copacabana, Laja y la zona del aeropuerto.

RESIDUOS SÓLIDOS
Otros estudios de la Cooperación Alemana GTZ y otras instituciones, establecieron que sólo en La Paz, la cantidad de residuos sólidos generados, es de aproximadamente 450 a unas 500 toneladas por día.
Como las aguas servidas, la basura que normalmente no es recolectada por el sistema privado de recolección, es depositada en las riberas de los ríos y en laderas suburbanas.
Pese a que los residuos sólidos son transportados hasta su destino final en el vertedero de Alpacoma, no existe un Plan municipal de local y peor aún del área metropolitana en el manejo de la basura como la selección y reciclaje.
Con el incremento acelerado de la población en la ciudad de El Alto, la generación de basura sobrepasa las 380 toneladas diarias, lo que en parte son recogidos por sistemas privados y otra son arrojados a cenizales y calles.
El Alto cuenta con botaderos provisionales y en los que se depositan el 90 por ciento de los residuos colectados.
Sin embargo, existen basurales localizados en diferentes partes de la ciudad, entre otras, en las áreas colindantes entre La Paz y El Alto.
El PNUD efectuó este informó sobre la base de los estudios realizados por la Agencia Internacional de Cooperación de Japón (JICA); el Programa de Monitoreo Atmosférico en la ciudad de La Paz, del Ministerio de Desarrollo Sostenible y Medio Ambiente y el Diagnóstico Ambiental para la ciudad de El Alto.