Este afluente ha sufrido afectaciones por la explotación petrolera en esa zona del departamento del Meta, la deforestación y el uso del terreno y agua para fines agropecuarios
Un total de 5.527 millones de pesos, de los cuales 4.515 millones son aportados por Ecopetrol, serán invertidos en los proyectos definidos por el Comité de Recuperación Integral del río Orotoy (CRIO), integrado por la petrolera colombiana, las alcaldías y personerías de Castilla La Nueva y Acacías, Coopesca, Cabildo Verde y las Juntas de Acción Comunal de las veredas ubicadas en los dos costados de la ribera.

Esos proyectos contemplan:
* La reforestación de áreas degradadas, cuencas y microcuencas para la recuperación ambiental del río, en el cual se invertirán 400 millones de pesos y que se realizará especialmente en la parte alta de la cuenca en un total de 61 hectáreas, 32 de de las cuales están en Castilla La Nueva y 29 en Acacías.
* Reubicación y repoblamiento de peces ornamentales, en cuya labor se invertirán 116 millones de pesos y estará cargo de la cooperativa Coopesca.
* Formulación y determinación de medidas socio-ambientales para la recuperación del río Orotoy, al que se destinarán 1.765 millones de pesos.
* La implementación del sistema agrosilvopastoril en la cuenca del Orotoy, para el que se asignaron 115 millones de pesos.
* El fortalecimiento de la cultura ambiental a partir de la recuperación del entorno urbano y sub urbano en los municipios de Castilla La Nueva, con inversión de 1.566 millones de pesos, y Acacías, con otros 1.566 millones; debido a que se presenta deforestación por cultivos, ganadería y otros usos.